(พ.ศ. ๒๓๘๔ – ๒๔๑๑)
การทดลองทำพันธุ์หนองฝีป้องกันไข้ทรพิษ (พ.ศ. ๒๓๘๔) หมอบรัดเลย์เห็นว่า การปลูกทรพิษยังเป็นอันตรายอยู่ จึงไม่เลิกล้มการทดลองเพื่อทำการปลูกฝีให้สำเร็จ พ.ศ. ๒๓๘๔ ได้ทำการทดลองปลูกฝีกับเด็กจำนวน ๗๕ คนในบ้านพระยาพระคลัง โดยใช้สะเก็ดพันธุ์หนองฝีโคซึ่งนำมาจากอเมริกา ปรากฏว่าปลูกขึ้นเพียง ๓-๔ ราย หมอบรัดเลย์ได้เอาพันธุ์หนองให้ผู้อื่นทดลองปลูก แต่ไม่ค่อยมีคนอยากทดลอง เมื่อทำการได้ประมาณ ๓ เดือน พันธุ์หนองฝีจึงหมดลง โดยมีคนที่ปลูกขึ้นทั้งหมดในครั้งนี้ราว ๑๐๐ คน ถึงจะทำการปลูกฝีสำเร็จ แต่ยังมีปัญหาเรื่องพันธุ์หนองฝีที่ต้องนำเข้าจากอเมริกาซึ่งใช้เวลาเดินทางนาน หมอบรัดเลย์จึงทำการทดลองผลิตสะเก็ดพันธุ์หนองฝีด้วยตนเอง ในปลายปี พ.ศ. ๒๓๘๕ โดยการฉีดหนองจากผู้ป่วยไข้ทรพิษเข้าไปในวัวหลายตัว และยังได้รับพระราชทานวัวจากพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ในปีเดียวกัน บุตรีของหมอบรัดเลย์เสียชีวิตลงจากไข้ทรพิษเมื่ออายุได้ ๗ เดือน หมอบรัดเลย์จึงตั้งคลินิกรับปลูกฝีขึ้นเป็นการส่วนตัว เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๙๔ คิดค่าปลูกฝีคนละ ๑ บาท หากฝีขึ้นดี จะคืนเงินให้ครึ่งหนึ่ง โดยเงินที่ได้จะนำไปซื้อหนองฝีจากอเมริกามาปลูกใหม่ แต่ระหว่างรอ ได้ใช้หนองจากคนที่ปลูกฝีขึ้นดีแล้วมาปลูกต่อกันไป การปลูกฝีได้เป็นผลสำเร็จ ทำให้ภารกิจหลักอย่างหนึ่งของพวกมิชชันนารี คือการเดินทางออกไปปลูกฝีแม้ในหมู่บ้านตามชนบทต่างๆ เป็นเวลาหลายสิบปี จนกระทั่งในปี พ.ศ. ๒๔๔๘ เมื่อรัฐบาลไทยได้ตั้งสถานผลิตพันธุ์หนองฝีขึ้นที่สี่กั๊กพระยาศรี และออกกฎหมายบังคับให้ทุกคนปลูกฝีป้องกันไข้ทรพิษใน พ.ศ. ๒๔๕๖ การปลูกฝีโดยพวกมิชชันนารีจึงค่อยๆ ลดความสำคัญลง
การทำสูติกรรมแบบตะวันตก ๑ (พ.ศ. ๒๓๘๕) หมอบรัดเลย์เห็นว่าการผดุงครรภ์แบบดั้งเดิมที่ทำกันในสังคมไทย ผู้หญิงต้องเสี่ยงอันตรายจากการทำคลอดอยู่มาก เหตุหนึ่งมาจากการต้องอยู่ไฟหลังคลอดเป็นเวลานาน อีกทั้งทารกที่เกิดมามักมีโรคแทรกซ้อน อัตราการตายของแม่และเด็กสูง หมอบรัดเลย์พยายามผลักดันให้สังคมไทยหันมาใช้วิธีการสูติกรรมแบบใหม่ตามอย่างตะวันตก โดยพยายามผลักดันผ่านหมอหลวง เนื่องจากเห็นว่าหากหมอหลวงเชื่อถือแล้วน่าจะทำให้คนทั่วไปยอมรับได้ เขาใช้วิธีแปลและเรียบเรียงตำราการทำสูติกรรมตามแบบตะวันตกที่ตีพิมพ์ในสหรัฐอเมริกาออกเป็นภาษาไทย ใช้ชื่อว่า คัมภีร์ครรภ์ทรักษา เมื่อเรียบเรียงเสร็จแล้ว เขาได้นำขึ้นทูลเกล้าถวายพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่ ๑ ฉบับ และได้มีการพิมพ์แจกจ่ายให้กับหมอหลวง ๒๐๐ ฉบับ (กล่าวกันว่า ก่อนหน้านี้ หมอบรัดเลย์ได้เรียบเรียงตำราปลูกทรพิษขึ้นทูลเกล้าถวายแล้ว ๑ ฉบับ แต่ไม่ปรากฏหลักฐานว่าได้มีการพิมพ์เผยแพร่) จึงอาจกล่าวได้ว่า คัมภีร์ครรภ์ทรักษาเป็นตำราแพทย์แผนปัจจุบันเล่มแรกที่พิมพ์ขึ้นเป็นภาษาไทย
การทำสูติกรรมแบบตะวันตก ๒ (พ.ศ. ๒๓๙๕) หลังจากหมอบรัดเลย์ได้ตีพิมพ์ คัมภีร์ครรภ์ทรักษา ออกมาแล้ว ไม่ปรากฏว่ามีการรักษาดูแลตามวิธีการดังกล่าว จนกระทั่งในวันที่ ๒๘ มกราคม พ.ศ. ๒๓๙๕ ทางราชสำนักได้เชิญให้หมอบรัดเลย์เข้าเยี่ยมพระมเหสีพระองค์หนึ่งของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่เพิ่งมีพระประสูติการและดูว่าอาการจะย่ำแย่ลง เมื่อหมอบรัดเลย์ได้เข้าไปทำดูแล จึงให้เลิกการผทมเพลิง (การอยู่ไฟ) รวมทั้งได้ถวายยาแบบตะวันตก จนอาการของพระนางได้ทุเลาลง พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้มีพระราชหัตถเลขาขอบใจ และพระราชทานเงินให้ ๒๐๐ บาท แก่หมอ บรัดเลย์ และพระราชทานรางวัลให้แก่หมอเฮาส์ที่มาช่วย ในเหตุการณ์ดังกล่าว พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงแสดงความมั่นใจในการสูติกรรมแบบตะวันตกไว้ว่า “ข้าพเจ้ามีความไว้วางใจในการรักษาพยาบาลในการคลอดบุตรของยุโรปและสหรัฐอเมริกา แต่มีความเสียใจที่จะแจ้งให้ทราบว่า ข้าพเจ้าไม่สามารถที่จะทำให้สนมผู้นี้มีความเชื่อมั่น ก่อนที่ความตายจะคุกคามเธอ เพราะญาติพี่น้องจำนวนมากของเธอจูงใจให้เธอปฏิบัติตามประเพณี การรักษาพยาบาลของท่านครั้งนี้ นับเป็นการอัศจรรย์ที่สุดในพระบรมมหาราชวังนี้“
อหิวาตกโรคระบาด ครั้งที่ ๓ ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ (พ.ศ. ๒๔๐๓๗) เกิดอหิวาตกโรคระบาดทั่วโลก ครั้งที่ ๓ ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ โดยในประเทศไทยเกิดอหิวาตกโรคขึ้นที่เมืองตากก่อน แล้วจึงลุกลามมาถึงกรุงเทพฯ แต่การระบาดครั้งนี้ไม่รุนแรงนัก
สมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พ.ศ. ๒๓๙๔-๒๔๑๑ (พ.ศ. ๒๓๙๔–๒๔๑๑) ตำแหน่งกรมหมอฝรั่งในวังหน้า เมื่อพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงดำรงพระยศเป็นกรมพระราชวังบวรสถานมงคล ได้โปรดเกล้าฯ ให้มีกรมหมอฝรั่ง ขึ้นทำเนียบข้าราชการในวังหน้า ดังมีตำแหน่งตามนี้ ขุนระงับพิศม์ เจ้ากรมขวา ศักดินา ๔๐๐ ขุนสนิทแวทยา เจ้ากรมซ้าย ศักดินา ๔๐๐ หมื่นเมทรแวทยา ปลัดกรมขวาม ศักดินา ๓๐๐ หมื่นชำนาญเมทรีแวทยา ปลัดกรมซ้าย ศักดินา ๓๐๐ แสดงให้เห็นถึงการยอมรับในวิทยาการทางการแพทย์ตะวันตกของเจ้านายชั้นสูงในสมัยนั้น
